En los primeros años de vida, la alimentación, higiene y uso de antibióticos son factores que influyen en la formación del microbioma intestinal. Diferentes especies de microorganismos colonizan en los distintos eventos desde el nacimiento. Un ejemplo de esto es lo estudiado por el Human Microbiome Project Consortium encabezado por Huttenhower 

La microbiota intestinal se establece en los primeros dos o tres años de vida como un ecosistema dinámico que va aumentando en su composición y diversidad hasta alcanzar su máxima complejidad en la edad adulta.
La composición de la microflora del intestino tiende a ser similar entre personas que provienen de la misma región geográfica, a la misma familia y entre las personas con dieta similar (esta última juega un papel muy importante en su composición) 
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